Zurzeit bestehen drei Möglichkeiten an der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät der Universität Basel einen Masterabschluss zu erwerben. Das traditionelle, konsekutive Masterstudium kann mit oder ohne einem Major in einem Fachbereich abgeschlossen werden. Gemeinsam mit der Universität Bern wird ausserdem ein spezialisierter Masterstudiengang in International and Monetary Economics angeboten.

Darüber hinaus bietet das WWZ in Kooperation mit anderen Fakultäten der Universität Basel die folgenden drei intersdisziplinären Studiengänge an: Master of Arts in European Global Studies, Master of Science in Actuarial Science und Master of Science in Sustainable Development.